規章制定程序是指規章立項、起草、審查、決定、公布等的程序。修改和廢止規章的程序，參照制定程序的有關規定進行。國務院部門可以依照職權及時修改或者廢止與新公布的法律、行政法規或者其他上位法的規定不一致的，或者與法律、行政法規或者其他上位法相抵觸的部門規章。
1、立項。是決定進行部門行政規章制定工作的程序。立項決定權是享有部門規章制定權的國務院部門。首先由部門內設機構或者其他機構提出立項報告，由該部門法制機構匯總研究，擬訂出本部門年度規章制定工作計劃，報本部門批準后執行。年度規章制定工作計劃在執行中，可以根據實際情況予以調整，對擬增加的規章項目應當進行補充論證。
2、起草。是國務院部門提出規章初步方案形成送審稿的程序。起草由國務院部門組織。國務院部門可以確定內設機構或者其他機構具體負責起草工作，也可以確定由其法制機構起草或者組織起草。可以邀請有關專家組織參加，也可以委托有關專家、組織起草。
起草程序中的聽取意見。起草規章應當廣泛聽取有關機關、組織和公民的意見。聽取意見的形式有書面征求意見、座談會、論證會、聽證會等。起草的規章直接涉及公民、法人或者其他組織的切身利益，有關機關、組織或者公民對其有重大意見分歧的，應當向社會公布，征求社會各界的意見。起草單位也可以舉行聽證會。
起草規章中的征求意見。起草部門規章，涉及國務院其他部門的職責或者與國務院其他部門關系緊密的，起草單位應當充分征求國務院其他部門的意見。
起草規章中送審稿的報送。起草單位應當將規章送審稿及其說明、對規章送審稿主要問題的不同意見和其他有關材料，按規定報送審查。有關材料主要包括匯總的意見、聽證會筆錄、調研報告、國內外有關立法資料等。
3、審查。審查是對送審稿進行修改形成部門規章草案的程序。審查主體是規章制定部門的法制機構。法制機構根據《規章制定程序條例》的要求進行審查，并可以緩辦或者退回起草單位。
審查程序中的聽取建議和協調。法制機構在審查中應當就規章送審稿涉及的主要問題，聽取基層有關機關、組織和公民的意見；涉及重大問題的，應當召開由有關單位、專家參加的座談會、論證會，聽取意見，研究論證；直接涉及公民、法人或者其他組織切身利益，有關機關、組織或者公民對其有重大意見分歧，起草單位在起草過程中未向社會公布，也未舉行聽證會的，法制機構經過本部門批準，可以向社會公布，也可以舉行聽證會；法制部門可以就規章送審稿涉及的主要措施、管理體制、權限分工協調有關機構或者部門的意見，不能達成一致的，報本部門決定。
形成規章草案。法制機構應當認真研究各方面的意見，與起草單位協商后，對規章送審稿進行修改，形成規章草案和對草案的說明。并提出本部門有關會議審議的建議。
4、決定和公布。決定是審議部門規章草案并作出最終決定的決策程序。公布是將經過決定程序的部門規章向社會公開公布使公眾知道的程序。部門規章應當由部門的部務會議或者委員會會議決定。有關會議對規章草案提出審議意見后，由法制機構對規章草案進行修改后形成草案修改稿，報請本部門首長簽署命令予以公布。
公布規章的命令，應當載明該規章的制定機關、序號、規章名稱、通過日期、施行日期、部門首長的署名以及公布日期。部門規章簽署公布后，及時在國務院公報或者部門公報和在全國范圍內發行的報紙上刊登。在部門公報或者國務院公報上刊登的規章文本為標準文本。原則上，規章應當在公布之日起30日后施行，除非涉及國家安全、外匯匯率、貨幣政策的確定以及公布后不立即施行將有礙規章施行的，可以自公布之日起施行。
5、備案與解釋。規章自公布之日起30日內，由法制機構依照立法法和《法規規章備案條例》的規定向有關機關備案。部門規章應當在公布后的30日內報國務院備案。
規章解釋權屬于規章制定機關。規章解釋由規章制定機關的法制機構參照規章送審稿審查程序提出意見，報請制定機關批準后公布。進行規章解釋的情形是：規章的規定需要進一步明確具體含義的；規章制定后出現新的情況，需要明確使用規章依據的。規章的解釋同規章有同等效力。
