國務院行政機構，根據職能分為國務院辦公廳、國務院組成部門、國務院直屬機構、國務院辦事機構、國務院組成部門管理的國家行政機構和國務院議事協調機構。憲法、國務院組織法和1997年國務院發布的《國務院行政機構設置和編制管理條例》，是目前關于國務院行政機構設置和編制管理的主要依據。除了行政機構外，國務院還設有事業單位和特設機構。
（一）國務院辦公廳
國務院辦公廳，是協助國務院領導處理國務院日常工作的機構。依據國務院組織法的規定，國務院設立辦公廳，由國務院秘書長領導。
（二）國務院組成部門
國務院組成部門，是國務院領導下主管特定國家行政事務的行政機構，依法分別履行國務院的基本行政管理職能。它包括各部、各委員會、中國人民銀行和國家審計署。國務院組成部門的設立、撤銷或者合并，由國務院機構編制管理機關提出方案，經國務院常務會議討論通過后，由國務院總理提請全國人民代表大會決定。在全國人民代表大會閉會期間，提請全國人民代表大會常務委員會決定。．
國務院組成部門實行部長、主任和審計長、行長負責制。國務院組成部門工作中的方針、政策、計劃和重大行政措施，應向國務院請示報告，由國務院決定。根據法律和國務院的決定，國務院組成部門可以在本部門的權限內發布命令、指示和規章。
（三）國務院直屬機構和國務院辦事機構
國務院直屬機構，是國務院主管某項專門業務的行政機構，具有獨立的行政管理職能。該類機構的設立、撤銷和合并，根據工作需要和精簡的原則，由國務院決定。
國務院辦事機構，是協助國務院總理辦理專門事項的行政機構，不具有獨立的行政管理職能。它的設立、撤銷和合并由國務院機構編制管理部門提出方案，報國務院決定。
（四）國務院組成部門管理的國家行政機構
國務院組成部門管理的國家行政機構，是由國務院組成部門管理，主管特定業務，行使行政管理職能的行政機構。它的設立、撤銷和合并，由國務院機構編制管理部門提出方案，報國務院決定。
國務院組成部門管理的國家行政機構不是該主管部門的內設機構。國務院組成部門主要通過對它所管理的國家行政機構工作中的重大方針政策、工作部署等事項實施管理，并對國務院負責。
（五）國務院議事協調機構
國務院議事協調機構，是承擔國務院行政機構重要業務工作組織協調任務的行政機構。它的設立、撤銷和合并由國務院機構編制管理部門提出方案，報國務院決定。國務院議事協調機構議定的事項，經過國務院同意，由有關的行政機構按照各自的職責負責辦理。在特殊或者緊急的情況下，經過國務院同意，國務院議事協調機構可以規定臨時性的行政管理措施。
（六）國務院行政機構的職能調整和內設機構
上述國務院行政機構設立后，需要對職能進行調整的，由國務院機構編制管理部門提出方案，報國務院決定。
國務院辦公廳、國務院組成部門、國務院直屬機構、國務院辦事機構在職能分解的基礎上設立司、處兩級內設機構；國務院組成部門管理的國家行政機構根據工作需要可以設立司、處兩級內設機構，也可以只設立處級內設機構。 國務院行政機構的司級內設機構的增設、撤銷或者合并，經國務院機構編制管理機關審核方案，報國務院批準。增設國務院行政機構的司級內設機構的方案，應當包括下列事項：(1)增設機構的必要性；(2)增設機構的名稱和職能；(3)與業務相近的司級內設機構職能的劃分。國務院行政管理機構的處級內設機構的設立、撤銷或者合并，由國務院行政機構根據國家有關規定決定，按年度報國務院機構編制管理機關備案。
（七）國務院行政機構的編制管理
國務院行政機構的編制，是對國務院行政機構人員的數量定額和領導職數的管理制度。國務院行政機構的編制確定原則，實行依據職能配置和職位分類實行精簡的原則。
國務院行政機構編制的確定，在國務院行政機構設立時進行。編制方案的內容是：(1)機構人員定額和人員結構比例；(2)機構領導職數和司級內設機構領導職數。
國務院行政機構編制的增加和減少，由國務院機構編制管理機關審核方案，報國務院批準。
國務院行政機構編制的監督檢查，由國務院機構編制管理機關，對國務院行政機構的機構設置和編制執行情況行使監督檢查權。國務院行政機構有義務每年向國務院機構編制管理機關提供其機構設置和編制管理情況的報告。
