1．最高決策機構——部長會議。世界貿易組織所有成員的代表組成部長會議。部長會議是最高級會議。部長會議履行世界貿易組織的職能，并為此采取必需的措施。部長會議有權對所有多邊貿易協議中的任何事項作出決定。
2．常設權力機構——總理事會。在部長會議休會期間，部長會議的職能由總理事會行使。總理事會由各成員代表組成，根據情形召開會議。總理事會同時履行爭端解決機構和貿易政策審議機構的職責。但是，爭端解決機構和貿易政策審議機構有自己的主席，負責機構的運作。
3．（部門貿易）理事會。根據世界貿易組織協定附件的不同調整范圍，設立了貨物貿易理事會、服務貿易理事會以及與貿易有關的知識產權理事會。理事會依總理事會的總體指導運作，分別履行貨物貿易多邊協議、服務貿易總協定和與貿易有關的知識產權協定以及總理事會指定的職能。各理事會的成員資格對全體成員開放，但并非所有成員代表都參加理事會。各理事會設有下屬機構。
4．（綜合）委員會。環境與貿易委員會、收支平衡委員會、貿易與發展委員會、最不發達國家小組委員會、國際收支限制委員會、預算、財務和行政委員會，是在總理事會之下設的六個委員會，負責處理諸如貿易與發展、環境、區域貿易協定以及行政事務。各委員會行使有關協議賦予的職責及總理事會賦予的其他職責，并向總理事會報告工作。
5．下屬機構。幾乎每一個理事會／委員會都有下屬機構，例如，貨物貿易理事會有多個專門委員會處理各專門問題（如農產品、市場準人、補貼、反傾銷措施）。
6．世界貿易組織秘書處和總干事。世界貿易組織的工作機構，是總干事領導的秘書處。世界貿易組織秘書處設在日內瓦。總干事由部長級會議任命。總干事任命秘書處職員，并依照部長會議通過的條例，確定他們的職責和服務條件。秘書處的職責主要包括：為世界貿易組織的代表機構（如理事會、委員會、工作組等）進行談判和執行協議，提供行政和技術支持；為發展中國家，特別是最不發達國家，提供技術援助；在貿易爭端解決過程中，由法律雇員提供有關規則和先例解釋方面的法律幫助；處理新成員的加入談判，為準備加入的國家提供咨詢。總干事和秘書處的職員純屬國際性質，在履行職責方面，不應尋求和接受任何政府或當局的指示；各成員不應對他們履行職責施加影響。
