受理程序中的重要問題，是申請行政復議與提起行政訴訟的關系。根據我國行政訴訟法的規定，除非法律、法規規定必須先申請行政復議的，行政爭議當事人可以自由選擇申請行政復議還是提起行政訴訟。行政復議已經被依法受理的，當事人在法定復議期限以內不得提起訴訟；行政訴訟已經被依法受理的，則不得再申請行政復議。
法律、法規規定應當首先向行政復議機關申請行政復議，對行政復議決定不服再向人民法院提起行政訴訟的，行政復議機關不予受理或者受理后超過行政復議期限不做答復的，公民、法人或者其他組織可以自收到不予受理決定書之日起或者行政復議期滿之日起15日內，依法向人民法院起訴。
所謂“依法向人民法院起訴”，是說提起行政訴訟的范圍和提起程序需要按照行政訴訟法的現行有關規定進行。行政復議法雖然擴大了行政復議的受理范圍，但是這并不意味著當然同時擴大行政訴訟的受理范圍。
法律規定行政復議機關作出的終局行政復議決定，當事人不得提起行政訴訟。行政復議法規定的終局行政復議決定有兩個：第一是行政復議法第14條規定的國務院的裁決；第二是行政復議法第30條關于省、自治區、直轄市人民政府對確認自然資源所有權或者使用權的復議決定。
對于自然資源所有權和使用權的救濟途徑，行政復議法作出了如下專門規定：
1．對于浸犯已經依法取得的自然資源的所有權或者使用權的具體行政行為，必須首先進行行政復議。對行政復議決定不服的，可以依法向人民法院提起行政訴訟。這些權利包括對土地、礦藏：、水流、森林、山嶺、草原、荒地、灘涂、海域等自然資源的所有權或者使用權。
2．省、自治區和直轄市人民政府確認自然資源所有權和使用權的行政復議決定，是終局裁決，不得提起行政訴訟。這種行政復議決定的根據，是國務院或者省、自治區、直轄市人民政府對行政區劃的勘定、調整或者征用土地的決定。這些權利包括對土地、礦藏、水流、森林、山嶺、草原、荒地、灘涂、海域等自然資源的所有權或者使用權。這種終局裁決的主要理由是：行政區劃的勘定和調整確定，是憲法規定的國務院或者省．自治區、直轄市人民政府的職權，應當由行政機關作出終局的決定；對于征用土地確定的上述權利，征用決定權限于國務院和省級人民政府。
