立案程序，是指立案階段中各種訴訟活動的步驟和形式。根據刑事訴訟法的規定，立案程序包括對于立案材料的接受、審查和處理三個部分。
（一）對立案材料的接受
對立案材料的接受，是指公安機關、人民檢察院和人民法院對報案、控告、舉報和自首材料的受理。它是立案程序的開始。接受立案材料，應當注意以下幾點：
1．公安機關、人民檢察院和人民法院對于報案、控告、舉報和自首，都應當接受下來，然后依法處理，而不得以任何理由拒絕或推諉。刑事訴訟法第108條第3款規定：公安機關、人民檢察院或者人民法院對于報案、控告、舉報，都應當接受。對于不屬于自己管轄的，應當移送主管機關處理，并且通知報案人、控告人、舉報人；對于不屬于自己管轄而又必須采取緊急措施的，應當先采取緊急措施，然后移送主管機關。這里“緊急措施”是指保護現場、先行拘留嫌疑人、扣押證據等措施。
2．報案、控告和舉報可以用書面或口頭形式提出。刑事訴訟法第109條第1款規定：報案、控告、舉報可以用書面或口頭提出。接受口頭報案、控告、舉報的工作人員，應當寫成筆錄，經宣讀無誤后，由報案人、控告人、舉報人簽名或者蓋章。根據這一規定，報案、控告和舉報可以采取書面形式，也可以口頭提出，這是為了方便群眾，有利于群眾同犯罪行為作斗爭。接受口頭報案、控告、舉報時，應當注意盡量問清犯罪的時間、地點、方法、后果、犯罪嫌疑人的特征等情況，做好筆錄，并向報案人、控告人、舉報人宣讀，經確認無誤后，由其簽名或者蓋章。
3．接受控告、舉報的工作人員應當向控告人、舉報人說明誣告應負的法律責任。刑事訴訟法第109條第2款規定：接受控告、舉報的工作人員，應當向控告人、舉報人說明誣告應負的法律責任。但是，只要不是捏造事實，偽造證據，即使控告、舉報的事實有出入，甚至是錯告的，也要和誣告嚴格加以區別。為了保證控告、舉報的真實性，接受控告、舉報的工作人員應當向控告人、舉報人說明控告、舉報應當實事求是，不得誣告陷害他人，否則將依照刑法關于誣告陷害罪的規定追究刑事責任。同時，應當嚴格區分錯告和誣告。二者的主要區別是：錯告沒有捏造事實、陷害他人的故意，而是由于個人認識片面或錯誤造成的控告、舉報與事實不符，甚至錯誤；而誣告則是故意捏造事實，偽造證據，目的在于陷害他人。
4．公安司法機關應當為報案人、控告人、舉報人保密，并保障他們及其近親屬的安全。為了鼓勵人民群眾積極同犯罪行為作斗爭，保障單位和個人行使控告、舉報的權利，刑事訴訟法第109條第3款規定，公安機關、人民檢察院或者人民法院應當保障報案人、控告人、舉報人及其近親屬的安全。即當他們的安全受到威脅時，公安司法機關應當主動采取保護措施或者被要求而采取相應的保護措施。為了防止事后對報案人、控告人、舉報人及其近親屬的打擊報復，該款還規定，報案人、控告人、舉報人如果不愿公開自己的姓名和報案、控告、舉報的行為，應當為他們保密。
（二）對立案材料的審查
對立案材料的審查，是指公安機關、人民檢察院、人民法院對自己發現的或者接受的立案材料進行核對、調查的活動。其任務是正確認定有無犯罪事實發生、依法應否追究行為人的刑事責任，為正確作出立案或者不立案的決定打下基礎。對立案材料的審查，是立案程序的中心環節，是能否正確、及時地立案的關鍵。因為立案或者不立案，取決于公檢法三機關對立案材料審查的結果。而審查材料的過程，也就是根據法律所規定的立案條件，確認有無犯罪事實和分析、評斷這種犯罪事實是否需要追究刑事責任的過程。因此，對立案材料的審查，是一項十分重要的工作。
刑事訴訟法第110條規定：人民法院、人民檢察院或者公安機關對于報案、控告、舉報和
自首的材料，應當按照管轄范圍，迅速進行審查。通過審查，應當查明：材料所反映的事件是否屬于犯罪行為；如果屬于犯罪行為，有無確實可靠的證據材料證明；依法是否需要追究行為人的刑事責任；有無法定不追究刑事責任的情形。最高人民檢察院、公安部《關于刑事立案監督有關問題的規定（試行）》第4條規定，被害人及其法定代理人、近親屬或者行政執法機關，認為公安機關對其控告或者移送的案件應當立案偵查而不立案偵查，向人民檢察院提出的，人民檢察院應當受理并進行審查。人民檢察院發現公安機關可能存在應當立案偵查而不立案偵查情形的，應當依法進行審查。
在司法實踐中，公安、檢察或者審判機關對立案材料進行審查時，可以要求報案、控告、舉報的單位和個人提供補充材料，或者要求他們作補充說明，也可以進行必要的調查。公安司法機關對立案材料的審查，只要求所取得的證據足以證明有犯罪事實發生，并且依法需要追究刑事責任而應當立案時；或者依法不需要追究刑事責任而不應當立案時，立案前的審查工作就完成了。對手應當立案的，并不要求查清全部犯罪事實和查獲犯罪嫌疑人。
對于自訴案件，由于法律要求自訴人在提起自訴時，應當同時提出證明犯罪事實發生的各種證據。因此，人民法院在審查過程中，如果認為自訴人提出的證據不充分，可以要求自訴人提出補充證實有關犯罪事實的材料，但在立案前法院不得進行調查。
（三）對立案材料的處理
對立案材料的處理，是指公安機關、人民檢察院、人民法院通過對立案材料審查后，分別針對不同情況作出立案或者不立案的決定。這是立案程序的最后結果。
刑事訴訟法第110條規定，人民法院、人民檢察院、公安機關對立案材料審查后，認為有犯罪事實需要追究刑事責任的時候，應當立案；認為沒有犯罪事實，或者犯罪事實顯著輕微，不需要追究刑事責任的時候，不予立案。最高人民檢察院、公安部《關于刑事立案監督有關問題的規定（試行）》第5條規定，人民檢察院對于公安機關應當立案偵查而不立案偵查的線索進行審查后，應當根據不同情況分別作出處理：(1)沒有犯罪事實發生，或者犯罪情節顯著輕微不需要追究刑事責任，或者具有其他依法不追究刑事責任情形的，及時答復投訴人或者行政執法機關；(2)不屬于被投訴的公安機關管轄的，應當將有管轄權的機關告知投訴人或者行政執法機關，并建議向該機關控告或者移送；(3)公安機關尚未作出不予立案決定的，移送公安機關處理；(4)有犯罪事實需要追究刑事責任，屬于被投訴的公安機關管轄，且公安機關已作出不立案決定的，經檢察長批準，應當要求公安機關書面說明不立案理由。根據這一規定，對立案材料的處理，包括立案決定和不立案決定兩種形式。
1．決定立案及應辦的法律手續。公安機關、人民檢察院、人民法院經過對立案材料的審查，認為符合立案條件的，即有犯罪事實發生，對行為人依法需要追究刑事責任時，應當作出立案的決定。
公安機關對立案材料進行審查后，認為需要立案的，由承辦人填寫《立案報告表》，公安機關主管負責人批準后，交由偵查部門開始偵查。人民檢察院對立案材料審查后，認為需要立案的，應當制作立案報告書，經檢察長批準后予以立案。在決定立案之日起3日以內，將立案備案登記表、提請立案報告和立案決定書一并報送上一級人民檢察院備案。上一級人民檢察院認為下級人民檢察院立案決定錯誤的，應當書面通知下級人民檢察院糾正。上一級人民檢察院也可以直接作出決定，通知下級人民檢察院執行。下級人民檢察院應當執行上一級人民檢察院的決定，并將執行情況向上一級人民檢察院報告。下級人民檢察院對上一級人民檢察院的決定有異議的，可以在執行的同時向上一級人民檢察院報告。人民法院受理的自訴案件，一般先由控告申訴庭工作人員填寫《立案審批表》，經主管負責人審查批準后，移交刑事審判庭審理。
2．決定不立案及應辦的法律手續。接受立案材料的公安司法機關，經審查，如果認為不符合立案條件，即沒有犯罪事實發生，或者不需要追究刑事責任時，應當作出不立案的決定。
決定不予立案的，應當制作《不立案決定書》，寫明案件的材料來源，決定不立案的理由和法律依據，決定不立案的機關等。根據刑事訴訟法以及相關規定，公安司法機關決定不立案的，應當將不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申請復議。對控告人的復議申請，應當及時審核并作出答復。對于那些雖然不具備立案條件，但有嚴重錯誤或一般的違法亂紀行為需要其他部門處理的，應當將報案、控告或者舉報材料移送有關部門處理。
